Porteuses de charge polluante, les eaux usées ou effluents (cuisine, salle de bains, toilettes, lave-linge…) ne peuvent en effet être rejetées en l'état dans la nature.Selon les conditions et le zonage d’assainissement, deux systèmes sont possibles : l'assainissement collectif ou l'assainissement non collectif (ou autonome).
L'assainissement collectif, communément appelé "tout-à l’égout", permet l’évacuation et le traitement des eaux usées dans un réseau public.
Pour les usagers, le raccordement à ce réseau est obligatoire s’il est accessible. Les eaux usées collectées par le biais du réseau collectif d'assainissement sont acheminées vers des unités de traitement (station d'épuration, lagune…) où elles sont épurées avant d'être rejetées à la nature. Les boues restantes sont elles épandues en agriculture du fait de leurs qualités fertilisantes.
Dans les zones d’habitat dispersé, l’assainissement individuel (appelé aussi "non collectif" ou "autonome") consiste à traiter les eaux usées directement sur la parcelle. Si le système est à la charge de l’usager, Thonon Agglomération a néanmoins l'obligation d'exercer le contrôle de son entretien et de son bon fonctionnement.
Dès sa création en 2017, Thonon Agglomération s’est inscrite dans la dynamique initiée de longue date sur son territoire pour étendre, parfaire ou entretenir le réseau d’assainissement collectif. D’importants chantiers continuent ainsi d'être lancés sur la base des plans pluriannuels d’investissements élaborés par les collectivités jusque-là compétentes en termes d’assainissement.
Parallèlement à l’extension du réseau d’assainissement collectif, la surveillance continue des installations de traitement des eaux usées et leur mise à niveau restent une préoccupation majeure pour répondre aux exigences réglementaires, préserver notre cadre et vie et accompagner l’urbanisation du territoire. Les eaux usées de Thonon Agglomération sont acheminées, via le réseau collectif, vers quatre unités de traitement :