Historiquement, les collectivités locales françaises participent au financement des navettes lacustres transfrontalières, au côté du canton de Vaud. D’une participation financière forfaitaire annuelle par port jusqu’en 2017, elles ont commencé à participer au déficit de fonctionnement des lignes transfrontalières, allant du coût du personnel à l’amortissement des matériels.
En conséquence, le niveau de financement de ce service n’a cessé de croître de façon exponentielle ces dernières années. La participation financière de Thonon Agglomération est passée de 340 430 € en 2017, à un coût estimé à 4 185 953 € en 2025, sans offre supplémentaire. Cela représente l’équivalent de 53% du coût de l’ensemble des transports collectifs routiers du territoire (urbains, interurbains, scolaires, funiculaire, VAE…).
L’intercommunalité n’a pas la capacité de supporter plus longtemps une telle dépense sans soutiens financiers publics. À ce jour, seul le conseil départemental de la Haute-Savoie contribue à hauteur de 590 000 € alors que dans le même temps la confédération helvétique absorbe 1/3 du coût de la participation suisse à ce déficit. Cela signifie que Thonon Agglomération contribue à une hauteur financière quasi-équivalente à celle du canton pour financer ce transport.
Dans l’attente d’un cadre de coopération revu et stabilisé (en cours d’établissement), les parties sont convenues de la nécessité d’un accord transitoire devant permettre le maintien du service, sur une offre de service en adéquation avec l’enveloppe financière mobilisable par Thonon Agglomération sur l’année 2026, soit 1,8 M CHF HT.