Thonon Agglomération possède la compétence GEMAPI (gestion des milieux aquatiques et de protection contre les inondations). Plus largement, la collectivité œuvre pour la préservation et restaurations des milieux naturels du territoire.
Les actions menées se retrouvent au sein de différentes démarches ou contrats qui sont soutenus par différents partenaires financiers : Agence de l’Eau, Département, Région et Europe.